Dos años han pasado de la última batalla entre el Clan Igasaki y el Clan Kibaoni, dando a Takaharu y su familia como los vencedores. Ellos han seguido con sus vidas, pero ahora deciden volver al dojo para reencontrarse. Pero allí se verán las caras con la madre de Fuuka y Takaharu quien es la creadora del nuevo éxito en todo el japón: las NinninGirls. Shiro Ninger y Momo Ninger han decidido hacerle frente a los ejércitos que todavía restan en el mundo de Kibaoni, pero desean ser las únicas ninjas y para ello un duelo decidirá las cosas. Detrás de esto una vieja conocida está tramando arruinar todo.