La Ran guanya un sorteig per assistir a unes maniobres d'un destructor Aegis de l'armada japonesa, on en Conan i els altres l'acompanyen. Durant les maniobres, apareix sobtadament un objectiu desconegut i el vaixell es posa en alerta roja. Un cop resolta l'amenaça, descobreixen que el filtre del sistema de drenatge ha absorbit un braç esquerre. Si això no fos poc, es descobreix que un espia, que anomenen X, s'ha infiltrat per robar informació confidencial. En Conan demanarà ajuda a en Heiji i al Dr. Agasa per descobrir l'autèntica identitat de l'espia però el misteri va molt més enllà del que es poden imaginar...