Un grup terrorista anomenat Els Gats Siamesos Vermells, assalta l'Institut Nacional de Microbiologia de Tòquio i anuncien a través d'internet que han robat un bacteri mortal i que tenen la intenció d'alliberar-lo. En Conan i els altres són convidats per l'oncle de la Sonoko, en Jirokichi Suzuki, a viatjar en el vol de prova del dirigible més gran del món per a ser testimonis d'un nou duel amb en Kaito Kid. Però durant el viatge el dirigible és assaltat pel grup terrorista que, junt amb el bacteri, posa diverses bombes i amenaça la vida dels passatgers i la de tot Osaka. Podrà en Conanevitar que s'alliberi el bacteri i detenir els terroristes?