L'aventura humana tot just comença.

Ja fa dos anys des que la Enterprise acabés la seva missió. La majoria de la tripulació resta a la Enterprise millorant-la sota la supervisió del nou capità en funcions William Decker. En James T. Kirk ha estat ascendit a almirall, el Dr. McCoi ara és un metge civil, l'Spock resta a Vulcà practicant el Kolinahr. Un misteriós núvol d'energia és detectat en espai Kinglon i sembla dirigir-se a la Terra, destruint pel camí tres naus Klingon classe K't'inga i l'estació Epsilon 9. Un cop més, la nau estel·lar Enterprise salparà a la recerca del desconegut, aquest cop per a intentar salvar la Terra.