Dalla scomparsa dell'uomo ritenuto l'imperatore più malvagio della Britannia, il mondo ha goduto di una pace senza precedenti sotto la guida della Federazione delle Nazioni Unite. Tuttavia, questa fragile calma viene infranta quando militanti armati rapiscono l'ex principessa Nunnally vi Britannia e Suzaku Kururugi, il consigliere capo dei Cavalieri Neri, scatenando una crisi internazionale. Il potente e inaffidabile Regno dello Zilkhstan è accusato di aver orchestrato la loro cattura. Per indagare, le autorità mondiali inviano Kallen Stadtfeld e i suoi compagni in un'operazione segreta nel paese. Lì incontrano la strega immortale CC, che è in missione per completare la risurrezione dell'uomo responsabile della più grande rivoluzione della storia, una leggenda che si alzerà, prenderà il comando e salverà ancora una volta il mondo dal pericolo.