In un futuro alternativo, la scienza ha scoperto ed è riuscita ad utilizzare i Raggi Getter, una misteriosa forma di energia che sembra stimolare l'evoluzione. la Terra viene attaccata da una mostruosa razza di alieni mutaforma che rapidamente colonizzano la Luna. Dopo una violenta serie di scontri e complice l'utilizzo del super robot giapponese Getter Robot, alimentato a Raggi Getter, gli invasori vengono finalmente sconfitti. Ma alcuni strani avvenimenti iniziano ad accadere intorno al Professor Saotome, il maggiore esperto di Raggi Getter nonché costruttore del Getter Robot. Prima la sua unica figlia, pilota di una delle unità che compongono il Getter Robot, muore in un misterioso incidente di volo. Poi lo stesso Saotome viene apparentemente assassinato da Ryoma Nagare, capitano della squadra di pilotaggio del Getter Robot. Passano 8 anni e Saotome improvvisamente ricompare, accompagnato da un nuovo modello di Getter Robot, ma questa volta sembra diventato nemico dell'umanità ed impegnato in un suo personale e contorto progetto. Contemporaneamente ricompaiono anche gli invasori, che avevano tramato nell'ombra sino a quel momento. L'intera squadra Getter viene mobilitata, compreso Ryoma Nagare, che ha passato 3 anni in un carcere di massima sicurezza. Ma chi è il vero nemico, questa volta? Saotome o gli invasori? E qual è la vera natura dei Raggi Getter? E soprattutto, questo sarà davvero, come proclama Saotome, "L'ultimo giorno del mondo"?