Nel cuore dell'oceano, tra le acque misteriose del Triangolo delle Bermude, esiste un incantevole città fondata dal leggendario popolo di Atlantide. Il suo unico abitante è un bambino, il principe Akata, l'ultimo superstite degli atlantidei, il quale custodisce tutta la loro conoscenza, la tecnologia e gli straordinari poteri che avevano accumulato nell'arco di 5000 anni. Ma le moderne tecnologie minacciano la città sommersa: diversi uomini dotati di macchinari sofisticati scandagliano le profondità dell'oceano per estrarne le sue ricchezze. Akata, con l'aiuto dell'ologramma del suo maestro Shum e di Oya, una sirenetta dalle sembianze di una manta, deve proteggere l'eredità dei suoi avi, in particolare il Raggio Blu, evitando che cada nelle mani sbagliate.