Es el año 2059, la vigésimo quinta flota de expansión, "Macross Frontier", continúa su viaje a través del universo. En esta mega nave colonizadora, aterrizó la mega estrella Sherryl Nome para realizar un concierto. Alto Saotome, un joven estudiante de la academia de pilotos, ofrece dos asientos a su amiga, Ranka Lee, una gran fan de la cantante. Si bien la atención de la colonia se prepara para este gran evento, una forma de vida extraterrestre se manifiesta no muy lejos y amenaza la tranquilidad de los colonos...