Macross Delta speelt zich af in het jaar 2067, acht jaar na de gebeurtenissen in Macross Frontier. Het verhaal concentreert zich op Walküre, een team van getalenteerde idolen en het Delta Squadron, een team van ervaren Valkyrie-piloten die strijden tegen het Var-syndroom, een mysterieus fenomeen dat de melkweg verteert, naast het mysterieuze Aerial Knights Valkyrie-jagersteam van het Koninkrijk. van Wind. Deze film hercompileert scènes uit de televisie-anime met nieuwe scènes om een ​​ander verhaal te vertellen.