Een vreemde meteoor met een krachtig geheim stortte vier jaar geleden neer op aarde. Nu lijkt het erop dat de meteoor eindelijk zijn geheim gaat prijsgeven. Net nu Ash, Pikachu en alle andere Pokemon vrienden op weg zijn naar Larousse City. Aangekomen in deze "high tech"(TM) stad ontmoeten ze Tory, een nieuwe vriend die bang is voor Pokemon en hun trainers. Plotseling verschijnen er mysterieuze lichten boven de stad en tegelijkertijd verschijnt Deoxys, een Pokemon zoals je nog nooit hebt gezien! Dan ontstaat er een strijd tussen Deoxys en de Pokemon Rayquaza. Ash, Pikachu en hun vriendjes moeten alles op alles zetten om ze te stoppen!