One will trust in the power of prayer. One will believe in the might of the sword.

Mendoza,(Robert De Niro) bir tartışma sırasında kardeşini öldürür ve büyük bir suçluluk duygusuyla kendini yıkıma sürükler. Ancak Cizvit rahibi Peder Gabriel (Jeremy Irons) ile tanıştıktan sonra hayatını değiştirmeye karar verir ve onun liderlik ettiği misyonerlik çalışmalarına katılır.Peder Gabriel, Güney Amerika’nın ormanlık bölgelerinde yaşayan Guaraní halkını Hristiyanlaştırmak için büyük çaba göstermektedir. Mendoza, geçmişte köle olarak avladığı bu halkla bağ kurar ve onların güvenini kazanır. Bir savaşçı olarak yeteneklerini, Guaraní halkını korumak için kullanmaya başlar.Ancak, bu huzurlu misyon köyü, İspanyol ve Portekizli sömürgeciler arasındaki siyasi çekişmelerin hedefi haline gelir. Kolonici güçler, yerli halkın özgürlüğüne ve topraklarına tehdit oluşturur. Mendoza, halkı savunmak için silaha sarılırken, Peder Gabriel barışçıl bir yaklaşımı savunur. İkisi, farklı yöntemlerle aynı davayı savunurken, insanlık, inanç ve fedakarlık gibi derin temaları sorgular.